ראש הממשלה לשעבר אהוד ברק, נחקר במשרדי היחידה הארצית לחקירות הונאה במשטרה בחשד לעבירות ב"פרשת העמותות".
החקירה נמשכה כ-6 שעות. ברק מסר תשובות לכל השאלות שנשאל. בראשית עדותו הוא הוזהר, כי כל מה שימסור עלול לשמש בהליכים הפליליים, אם יינקטו נגדו.
ברק נחקר בחשד לעבירות על חוק מימון מפלגות ובגין רישומים כוזבים לכאורה במסמכי תאגיד. ברק נחקר בגין עשרות מיליוני ש"ח שגוייסו לקמפיין הבחירות שלו ב-1999, כספים שגוייסו באופן בלתי חוקי לכאורה.
חקירת ברק התבצעה היום (30.4.01), וזאת לאחר שחומר החקירה הצביע על חשד מבוסס לכאורה לעבירות פליליות מצד אהוד ברק. חוקרי המשטרה נמנעו מלזמנו לחקירה זמן רב, אלא עד שהוכח מעבר לכל ספק כי קיימים חשדות לעבירות פליליות מצד ברק עצמו.
במהלך חקירת פרשת העמותות שמרו על זכות השתיקה חשודים מרכזיים רבים, דבר שמנע את סיומה המהיר. עם אלה נמנים מקורביו של אהוד ברק עצמו, ובהם: גיסו עו"ד דורון כהן, עו"ד יצחק הרצוג, טל זילברשטיין ופעילים נוספים.