אולפנית בני עקיבא ישורון כבית חינוך הטרוגני, בעל יתרון מובהק לגודל, המאמין בחינוך משותף ושיוויוני ובצורך להביא כל בת למיצוי היכולות והכישורים בצד מצוינות והצטיינות אישית ולאומית החלה השנה בכיתות ז' בתוכנית "עתודה למנהיגות מדעית טכנולוגית " במטרה לייצר מסלול מצוינות שש שנתי המוביל לתעודת בגרות איכותית בתחומי המדע והטכנולוגיה הכוללת 15 יח"ל לימוד: 5 יח"ל מתמטיקה, 5 יח"ל מדעי הטבע )פיסיקה כימיה ביולוגיה( ובנוסף, 5 יח"ל טכנולוגיות )מדעי המחשב / הנדסת תוכנה ).
התוכנית מושתתת על איתור תלמידות בעלות פוטנציאל בתחומים המדעיים-טכנולוגיים כבר בכיתה ז' וחשיפתן לתחומי המתמטיקה והמדעים בתוכנית מאתגרת וברמה לימודית גבוהה.
התוכנית שפועלת בליווי המינהל למדע וטכנולוגיה במשרד החינוך החלה לאחר, שהאולפנית עמדה ברמת התבחינים הנדרשת של כוח הוראה מיומן ברמה מקצועית גבוהה בתחומי המתמטיקה והמדעים, וכן תשתיות פיזיות מתאימות.
התוכנית שנפתחה בכיתות ז' תשע"ב מצטרפת בראיה שש שנתית, לתוכנית המצויינות של כיתות י' - עם פתיחתה של מגמת הנדסת תוכנה כבר בשנת הלימודים הקודמת, ורכישת 30 מחשבים איכותיים תוכנות, וציוד נלווה לרווחת התלמידות.
בנוסף למגמות אלו ממשיכה אולפנית בני עקיבא ישורון בזכות יתרון הגודל לבסס ולהפעיל מגוון רחב ביותר של מגמות לימוד (14 במספר, כל אחת ברמת 5 יח"ל).
במסלול המדעי: פיזיקה, כימיה , ביולוגיה ומדעי המחשב.
במסלול ההומני: ספרות, לימודי א"י, מדעי החברה, קולנוע, רדיו ומגמת עיצוב גרפי.
מגמות על אומנותיות: מוזיקה, אומנות ותיאטרון
ומגמת על מחקרית: היסטוריה לעומק "חקר האישה בשואה".
