מאיר דגן כיהן במשך יותר משמונה שנים בתפקיד ראש המוסד. הוא מונה על-ידי ה
ממשלה (ספטמבר 2002) ביוזמתו של ראש הממשלה
אריאל שרון, זכה לאמונו של
אהוד אולמרט בתקופת כהונתו של זה האחרון כראש ממשלה, ואף כיהן עד ינואר 2011 בתקופת כהונתו של ראש הממשלה
בנימין נתניהו.
בתקופת כהונתו של דגן ביצע המוסד ו/או נטל חלק במבצעים מזהירים בחו"ל, שרובם ככולם אסורים עדיין בפרסום בישראל, לרבות המידע המודיעיני האיכותי והמדויק שהוביל להפצצת הכור בסוריה שהיה בשלבי הקמה. דגן זכה ליוקרה רבה, ואפילו הגילויים בדבר חשיפת הצד הישראלי בחיסול אל-מבחוח בדובאי (ינואר 2010) לא נגסו במעמדו.
דגן זכה לאשראי כמעט בלתי מוגבל, ובזכות. לכן מאכזב למדי לגלות כי גם דגן, כמו אישי ציבור אחרים, מוצא לנחוץ – לאחר שסיים כהונתו כראש מוסד, לפטפט עצמו לדעת כפי שיובהר להלן.
דגן הרצה לראשונה ב"בית בלגיה" בכינוס שבו נכחו 150 מוזמנים מבכירי השירות הציבורי בישראל. את האירוע שהתקיים ביום 07.05.11 ארגנו יאיר בר-קול, יו"ר עמותת הסגל הבכיר, ד"ר נח הלפרין, יו"ר איגוד התקשורת והעיתונות וישראל בינדר, איש יחסי ציבור אסטרטגיה ותדמית בכיר לאח"מים.
בהתייחסו לנושא הגרעין האירני אמר דגן בכינוס, כי אסור להסכים לגרעין אירני. יחד עם זאת הוסיף: "תקיפה אווירית על הכורים היא רעיון מטופש ואין בה כל יתרון. מי שתוקף באירן צריך להבין שהוא עלול לפתוח במלחמה אזורית שבמסגרתה יירו טילים מצד אירן וגם מצד החיזבאללה בלבנון. יש לעצב את הבעיה האירנית כבעיה בינלאומית ולהמשיך לפעול לעיכוב התפתחות הגרעין האירני".
חוסר אחריות ועבירה פלילית
דבריו של דגן הם-הם המטופשים וחסרי אחריות. דגן עשה שימוש מופקר במידע שנצבר במוחו. כי מה צריך להסיק מכך נשיא אירן,
אחמדינג'אד?
א) המוסד, בראשו עמד דגן עד ינואר 2011, שולל תקיפה ישראלית באירן;
ב) קיים רעיון כזה בישראל מצד ראש הממשלה ו/או שר הביטחון, והוא, דגן, במעמדו כראש המוסד, הביע עמדתו נגד תקיפה;
ג) מי שעמד בראש המוסד סבור: אם תעז ישראל לתקוף את מתקני הגרעין שהקימה אירן, היא – מדינת ישראל, תהא אחראית למלחמה אזורית שבמסגרתה יירו על ישראל טילים מצד אירן וגם מצד החיזבאללה בלבנון, ולא אירן, על-אף שזו הקימה מתקני גרעין במטרה מוצהרת להשמיד את ישראל.
דבריו של דגן עוררו, מטבע הדברים, כעס רב מצד גורמים בכירים במשרד ראש הממשלה. מה הוא רוצה? נאמר לי. הרי כהונתו הוארכה בשנה נוספת על-ידי נתניהו לאחר שכבר הוארכה על-ידי אולמרט, ניתן לו כבוד רב, ואיש לא פגע בו או בתנאי פרישתו. מדוע הוא תוקף ומכוון כלפי נתניהו?
הכעס על דגן נובע גם מהשימוש שנעשה בדבריו על-ידי כמה כלי תקשורת הפועלים נגד ראש הממשלה בנימין נתניהו ונגד שר הביטחון
אהוד ברק. יריביו של נתניהו - העיתונים
ידיעות אחרונות ו
מעריב, מיהרו לנצל דברים אלה כדי להציג את השניים כאישים חסרי אחריות שעלולים לגרור את ישראל לסיכונים גדולים ומיותרים, על-אף שגורמים מקצועיים, ובהם המוסד, מתנגדים כביכול לתקיפה באירן.
דבריו של מאיר דגן מהווים לכאורה עבירה פלילית. על-פי חוק העונשין, נאסר על עובד ציבור לעשות שימוש במסמכים ו/או במידע סודי שהובאו לידיעתו במהלך תפקידו הציבורי. למרות זאת, לא נמנע דגן מלפטפט אמירות שיכולות עתה לשמש את הצורר מאירן. דגן אמר מה שאמר למרות שידע כי מדיניות ישראל היא לשמור על עמימות בכל הנוגע לתוכניותיה כיצד למנוע מאירן להשיג פצצה גרעינית.