ישראל והרשות הפלשתינית דנות לקראת ועידת אנאפוליס בעקרונות היסוד להסדר הקבע, אשר יעסקו בין היתר בפתרון בעיית ירושלים והמקומות הקדושים. המשנה לראש הממשלה, חיים רמון, שטח באמצע ספטמבר 2007 את תפיסתו לגבי עקרונות ההסדר שיוחל במקומות הקדושים. וכך כותב רמון: "באזור האגן הקדוש יונהג משטר מיוחד, שבו יבואו לכלל ביטוי האינטרסים המיוחדים של ישראל בניהול המקומות הקדושים. בכלל זה, הכותל המערבי, הרובע היהודי והמקומות הקדושים האחרים במרחב ירושלים יישארו בידי ישראל לעד".
ביסוד התוכנית המדינית של ממשלת ישראל ניצבת ההנחה ששיתוף פעולה עם מדינת פלשתין ("באזור האגן הקדוש יונהג משטר מיוחד") יוכל לבסס דו קיום בשלום בניהול המקומות הקדושים, ובפרט בשטח הר הבית, על-מנת להבטיח את חופש הפולחן לכל בני הדתות המונותיאיסטיות. דא עקא, בחינת ההתנהגות הפלשתינית מאז 1993 למקומות הקדושים ליהדות מעלה, כי היסוד לאופטימיות אין לו על מה לסמוך. כך היה לאחר הנסיגה הישראלית מרצועת עזה, כאשר המוני פלשתינים פשטו על בתי הכנסת, חיללו אותם והעלו אותם באש.
הרשות הפלשתינית גם לא עמדה בהסדר הביניים המחייב אותה לאפשר ליהודים להגיע להתפלל בבית הכנסת "שלום על ישראל" ביריחו וב"קבר יוסף" בשכם. יתר על כן, "קבר יוסף" ובשכם ומקומות קדושים נוספים ליהדות בשטחי יהודה ושומרון נתונים מזה זמן רב לפעולות עוינות, להתנכלויות, לשריפה ולחילול הקודש. להלן מספר דוגמאות מהשבועות האחרונים שדווחו בתקשורת (ויש לומר בהצנעה שלא מאפיינת דיווחים על תקיפת בתי כנסת בחו"ל):
קבר יהושע בן נון בכפר כיפל חארס - רבנים שביקרו באתר מסרו (1 באוקטובר 2007) ש"הקבר חולל והושחת באשפה ובגרפיטי בגנות היהודים ובשבח השהידים והחמאס".
בית הכנסת ביד יאיר - בפעם השלישית בשנה האחרונה חולל (25 באוקטובר 2007) בית הכנסת ביד יאיר שבבנימין סמוך לרמאללה. ספרי קודש, סידורים, חומשים וספרי הלכה נשרפו כליל.
קבר יוסף בשכם - מבקרים שביקרו בתחילת אוקטובר 2007 ב"קבר יוסף" סיפרו, כי "האתר כולו חרב. הפלשתינים ניתצו כבר מזמן את הכיפות ואת ציון הקבר... והפלשתינים הפכו את האתר למשרפת אשפה".
אירועים חמורים אלה עברו ללא מחאה ישראלית רשמית וללא גינוי של הרשות הפלשתינית או ההנהגה הדתית המוסלמית, המקפידה לגנות על ישראל על כל פעולה ולו הקלה ביותר, ממנה עשויה להשתמע פגיעה ברגשות הדתיים של המוסלמים. השתיקה הפלשתינית כמוה כהודאה שהמקומות הקדושים ליהודים הן בבחינת "מטרה לגיטימית" במאבק הפלשתיני לסילוק מוחלט של "הכיבוש" על סמליו המדיניים והדתיים. ההתקפות האחרונות והשתיקה הפלשתינית מלמדות, כי חידוש התהליך המדיני עדיין לא הביא עימו רוח חדשה של פיוס ונכונות להשלים עם זכותו ההיסטורית והדתית של העם היהודי בארץ ישראל, היא פלשתין ההיסטורית בעיני הפלשתינים.
הניסיון המדיני עם הפלשתינים אינו מבשר טובות להסדר בירושלים. אל לה לישראל לעבור לסדר היום נוכח הפגיעה במקומות הקדושים ליהדות בשטחי יהודה ושומרון. ראוי שהממשלה תתנה כל הסדר בתקופת מבחן ארוכה של הרשות הפלשתינית, בה ניתן יהיה להיווכח ברצינות כוונות הפלשתינים באשר לכיבוד ההסכמים והבטחת חופש הפולחן.
