הבעיה של שפכים חקלאיים ושפכי אגרו-תעשייתיים הולכת ומתרחבת. ככל שהאוכלוסיה גדלה, הפעילות החקלאית-תעשייתיית הולכת ומתרחבת בצורה מואצת לאספקת חומרי מזון בסיסיים, חלב, בשר, ומוצרים חקלאיים באופן כללי. לפעילות החקלאית ועיבוד המוצרים שלה השפעות סביבתיות קשות ביותר. דוגמא טובה לכך היא בעיית שפכי בתי בד באזור אגן הים התיכון אשר הולכת ומתרחבת בקצב גדול כתוצאה לגידול בייצור של שמן זית באופן מואץ מצד אחד ואי זמינות פתרון הנדסי אופטמלי לטיפול בזרם קשה זה מצד שני. לעומת זאת, בשפכים ופסולות חקלאיות טמון פוטנציאל אדיר, במיוחד כאשר השפכים מטופלים ע"י עיכול אנאירובי לייצור ביוגז (מתאן) כמקור אנרגיה חילופית בעלת פוטנציאל כלכלי.