חקירת פרשת הרפז עוברת לשלב הפלילי הגלוי. דובר צה"ל לשעבר, אבי בניהו, ומי שהיה עוזר הרמטכ"ל, ארז וינר, הובאו (יום ד', 19.3.14) לבית משפט השלום בראשון לציון לאחר שנחקרו באזהרה על חלקם בפרשה. קודם לכן, נשלח בועז הרפז לעשרה ימי מעצר בית.

השלושה חשודים בקשירת קשר לביצוע פשע, שיבוש מהלכי משפט, השמדת ראיות, מרמה והפרת אמונים, גניבה בידי מורשה וגילוי בהפרת חובה. על-פי דוח מבקר המדינה, הרפז הוא שזייף את המסמך שנשא את שמו, ובו "תוכנית פעולה" להבטחת מינויו של יואב גלנט לרמטכ"ל. עוד קבע המבקר, כי וינר ובניהו היו שותפים למאבקו של הרמטכ"ל דאז, גבי אשכנזי, נגד שר הביטחון דאז, אהוד ברק.

היועץ המשפטי לממשלה, יהודה וינשטיין, עיכב במשך זמן רב את ההוראה לפתוח בחקירה פלילית בפרשה, וטען שניתן להסתפק בחקירה של המשטרה הצבאית החוקרת (מצ"ח). זאת, למרות שמבקר המדינה דאז, מיכה לינדנשטראוס, העביר לידיו ממצאים המלמדים על חשדות לפלילים (ולא רק לעבירות מתחום המשמעת הצבאית). רק באוגוסט שעבר, בעקבות פרסום דוח המבקר ועתירות לבג"ץ, הורה וינשטיין למשטרה לפתוח בחקירה - כשנתיים לאחר שנחשף מסמך הרפז המזויף.

לגבי בניהו נכתב בבקשת המשטרה להאריך את המעצר, כי הוא "פעל ביחד עם אחרים לאיסוף והפצת חומר מכפיש על אנשי צבא ופוליטיקאים וזאת תוך ביצוע שורת עבירות לרבות השמדת ראיות ושיבוש מהלכי משפט". עוד נטען, כי בניהו "החזיק שלא כדין חומרים מסווגים ברמת סודי, סודי ביותר ואף מעבר לכך. בנוסף, העביר לידיעת גורם בלתי מוסמך חומרים מסווגים ברמת סודי ביותר".