בכמה קווים מחיר הנסיעה ברכבת גבוה פי שניים ואף יותר ממחיר נסיעה באוטובוס. כך עולה מנתונים שמפרסמת
רכבת ישראל לשנה שעברה. כך למשל, תעריף הנסיעה בקו תל אביב-ראשון לציון עולה ברכבת 15 שקלים לעומת 6.90 שקלים באוטובוס.
האחראי לפער המחירים הם משרדי התחבורה והאוצר, שטרם השלימו את רפורמת התעריפים בתחבורה הציבורית.
עוד עולה כי סכסוכי העבודה ברכבת ישראל גרמו לנזקים כבדים למשק. זאת בשל שיבוש פעילותן של רכבות המשא וביטול מאות נסיעות.
ממוצע הנסיעות היומי עמד על 170.7 אלפי נסיעות ביממה, בהשוואה ל-151.4 אלף נסיעות אשתקד - גידול של כ-% 12.7. בחודש נובמבר נרשם מספר שיא של ממוצע הנסיעות היומי שעמד על כ-181.1 אלפי נסיעות. עיקר העליות בביקושים בא לידי ביטוי בקווי הרכבת החדשים ובאלו ששודרגו, תוך קיצור משך הנסיעה והגדלת תדירות הרכבות:
הוד השרון-ת"א: כ-14.5 אלף נוסעים ביום בממוצע (גידול של כ-27%).
באר שבע-ת"א: כ-15 אלף נוסעים ביום בממוצע (גידול של כ-25%).
ירושלים-ת"א: כ-6.5 אלף נוסעים ביום ממוצע (גידול של כ-25%).
יבנה מערב-ת"א: כ-11.5 אלף נוסעים ביום ממוצע (גידול של כ-24%).
עומדים בזמנים
ממוצע דיוק הרכבות השנתי עמד ב-2013 על 93.3% וזאת ביחס ל-90% דיוק ב-2012 ו-86.6% דיוק ב-2011. השיפור בממוצע הדיוק הינו פועל יוצא של תשומת לב ניהולית, יחד עם סיום עבודות הכפלת המסילה מנהריה ועד לבאר שבע וקליטת קטרים חדשים ומודרניים לתפעול הרכבות היומיומי. אולם לא פחות מכך - מריווח זמני הנסיעה שמאפשר לרכבת יותר מרחב תמרון.