מועצת הביטחון של האו"ם החליטה (יום ה', 20.5.04) לגנות את ישראל בשל פעולותיה ברפיח וקראה להפסיק את הרס הבתים. ההחלטה שהועלתה על-ידי מדינות ערב התקבלה ברוב של 14 תומכים. ארה"ב נמנעה ולא הטילה וטו על ההחלטה, שהיתה מרוככת יחסית.
הצעת-ההחלטה אימצה באופן חלקי את התיקונים האמריקנים להצעה הערבית והפלשתינית. במקום הפיסקה: "מועצת הביטחון דורשת הפסקה מוחלטת של הרס בתים, בעיקר במחנות הפליטים ברפיח", נכתב בהצעה שאושרה: "מועצת הביטחון קוראת לישראל לכבד את מחויבותה לחוק הבינלאומי ולהתחייב שלא להרוס בתים כצעד של ענישה".
בעקבות מותם של האזרחים הפלשתינים בפעולת צה"ל ברפיח, התקשר יו"ר הרשות הפלשתינית, יאסר ערפאת, (יום ד', 19.5.04) למזכ"ל האו"ם, קופי ענאן, וביקש ממנו כי הקהילה הבינלאומית תגן על הפלשתינים. ענאן קרא לישראל להפסיק מייד את הפעולה ברפיח, וסיפר כי שוחח בנושא עם שר החוץ האמריקני, קולין פאוול, ועם היועצת לביטחון לאומי, קונדוליסה רייס.
שליח זכויות האדם של האו"ם לשטחים, ג'ון דוגראד, אמר כי "פעולת צה"ל ברפיח מהווה פשע מלחמה והפרת החוק הבינ"ל. הצבא הישראלי נוקט במדיניות של ענישה קולקטיבית. מועצת הביטחון צריכה לשקול הטלת אמברגו נשק על ישראל, כפי שהוטל על דרום-אפריקה ב-1977".
מוקדם יותר גינה נשיא ארה"ב, ג'ורג' בוש, את מותם של האזרחים הפלשתינים: "ביקשנו מממשלת ישראל הבהרות על הפעולה. על ישראל לנהוג באיפוק, חשוב לכבד חיי חפים מפשע, רק כך נשיג שלום באזור". בהמשך הלילה החריפה הבית הלבן את ביקורתו נגד ישראל. שר החוץ האמריקני, קולין פאוול, שוחח עם שר החוץ סילבן שלום, והתריע כי פעולות ישראל ברפיח אינן משרתות לא את הביטחון ולא את השלום. היועצת לביטחון לאומי, קונדוליסה רייס, שוחחה עם דב ויסגלס, מנהל לשכת ראש הממשלה, והתריעה כי ארה"ב מודאגת מההרג ברפיח ומכך שאזרחים רבים נפגעים.
גינוי נוסף נשמע מכיוון האיחוד האירופי: "הפעולה הישראלית חסרת פרופורציות לחלוטין. פעולה בה הופכים למטרה ילדים חפים מפשע ראויה לכל גינוי".
ראש ממשלת ספרד, חוזה לואיס רודריגס ספטרו, אשר נפגש במדריד עם ראש הממשלה הפלשתיני, אחמד קריע (אבו עלא), גינה את הפעולה ברפיח וקרא לחידוש המו"מ בין ישראל לפלשתינים.