תנועת החמאס סיימה את ההתייעצויות הפנימיות הנוגעות להרכבת הממשלה הפלשתינית, ובחרה באיסמאעיל הנייה לתפקיד ראש הממשלה. כך מוסר העיתון "אלשרק אלאווסט" (11.2.06). הודעה בעניין זה צפויה בקרוב מאוד.

הרכבה של הממשלה החדשה טרם נקבע, בשל אי השלמת המו"מ עם שאר הפלגים הפלשתינים, ובראשם הפתח, בנוגע להשתתפותם בממשלה. מכל מקום, ראשי החמאס כבר קבעו את העקרונות להרכבת הממשלה החדשה, האמורה לייצג אישים פלשתינים מ"הפנים" (פלשתין) ומ"החוץ" (הפזורה הפלשתינית), לכלול שרים מקצועיים על-מנת לשוות חזות של ממשלת טכנוקראטיים ולתת ביטוי לייצוג של נשים בממשלה. לחמאס עניין מיוחד להחזיק בשני תיקי מפתח בממשלה: משרד הפנים והמשרד לענייני ירושלים.

סוגיית סמכויות משרד הפנים הפכה למחלוקת בין החמאס לפתח, המעוניין לשמר את שליטתו במנגנוני הביטחון. אחד הרעיונות שהועלו בעניין זה היה להעביר את המנגנונים לאחריותו הישירה של אבו מאזן, המוגדר כמפקד הכוחות הצבאיים הפלשתינים בהיותו נשיא פלשתין. תנועת החמאס מתנגדת להוצאת מנגנוני הביטחון מתחום סמכות משרד הפנים, והיא מעוניינת להקים צבא לאומי מאוחד אשר יהיה נתון למרותה ולשליטתה.

כצעד ראשון מתכוונת החמאס ליזום הקמת הנהגה מאוחדת לכל הזרועות הצבאיות של הארגונים הפלשתינים, על-מנת לשלוט טוב יותר בניהול המאבק המזוין נגד ישראל.

המשרד לענייני ירושלים נתפס אף הוא כתיק מפתח, בראיית החמאס, וכסמל להמשך המאבק לשחרור פלשתין. חבר הפרלמנט הפלשתיני, מוחמד אבו טיר (יליד אום טובא במזרח ירושלים) ומועמד אפשרי לתפקיד השר לענייני ירושלים, הבטיח לא מכבר בראיונות עיתונאיים להגדיל משמעותית את תקציב הרשות הפלשתינית עבור ירושלים, כפיצוי על השנים הארוכות של "קיפוח". לדבריו, החמאס תפעל לחזק את המוסדות הפלשתינים בירושלים, לפתח את מגזרי החינוך והבריאות, לסייע לתושבים נזקקים ולתמוך ב"עמידתם האיתנה נגד הכיבוש". במסגרת זאת, יינתן דגש על סוגיית המיסים שמשלמים התושבים לרשויות ולאישורי הבנייה בירושלים.