פרשת חטיפתו ושחרורו של העיתונאי הבריטי, אלן ג'ונסטון, חשפה את עומק הקשרים בין תנועת החמאס לבין "צבא האיסלאם", שלוחת אל-קאעידה ברצועת עזה. בהודעה רשמית שפרסם ארגון "צבא האיסלאם" (4 ביולי 2007), נמסרו פרטים על העסקה שגובשה עם החמאס, שהובילה לשחרור של ג'ונסטון משבי "צבא האיסלאם".
במסגרת העסקה סוכם, כי תנועת החמאס, השולטת כיום ברצועת עזה לאחר ההפיכה צבאית בחודש שעבר, לא תחרים את הנשק שבידי "צבא האיסלאם" ותימנע מכל פגיעה בארגון. על-פי הודעת "צבא האיסלאם", ההסכם עם החמאס קבע, כי "הנשק של צבא האיסלאם הוא נשק של מוג'אהידין (לוחמי ג'יהאד), שנועד למלחמה ביהודים ובצלבנים, בחוזרים בהם מדת האיסלאם ובמסייעים להם", וכי שני הצדדים הכירו בעובדה שכל ארגון (קרי, החמאס ו"צבא האיסלאם") פועלים עצמאית כארגוני ג'יהאד.
גורמים המקורבים ל"צבא האיסלאם" ברצועת עזה מוסרים (אל-קודס אל-ערבי, 5 ביולי 2007), כי העסקה על-פיה שוחרר העיתונאי הבריטי, כללה גם את הסעיפים הבאים:
א) "צבא האיסלאם" קיבל מהחמאס 5 מיליון דולר ויותר ממיליון כדורי קלצ'ניקוב, אשר הועברו לפני שחרורו של ג'ונסטון.
ב) ניתנה התחייבות של החמאס לשחרר את פעילי "צבא האיסלאם" שנחטפו בידי הכוח הביצועי של החמאס.
ג) תנועת החמאס שחררה את ח'טאב אל-מקדיסי, דוברו הרשמי של "צבא האיסלאם.
ד) מומתאז דורמוש, מנהיג "צבא האיסלאם" (שנטל חלק ברצח מוסא ערפאת, ראש מנגנון המודיעין הצבאי הפלשתיני) קיבל הבטחה מהחמאס שהוא לא יועמד לדין בגין חיסול קצין בכיר במודיעין הכללי הפלשתיני.
ה) הוסכם שלא יחשפו הפעולות הצבאיות המשותפות שביצעו החמאס ו"צבא האיסלאם".
ממשלת החמאס מציגה את הצלחתה להביא לשחרור של אלן ג'ונסטון כהוכחה לאפקטיביות שלטונה ברצועת עזה ולגישתה הפרגמאטית, בניסיון לקבל לגיטימציה בריטית ובינלאומית לשלטון שהקימה בהפיכה צבאית. עיון בפרטי ההסכם עם "צבא האיסלאם" מלמד, כי התמונה שונה בתכלית השינוי.
ממשלת החמאס הכירה בשלוחת אל-קאעידה כגורם לגיטימי ברצועת עזה, מאפשרת לה לפעול באופן חופשי ולפתח את תשתיתה הטרוריסטית והתחייבה להימנע מכל צעדים שיפגעו בארגון (מעצרים, העמדה לדין). אם נכונה גרסת הגורמים המצוטטים ב"אל-קודס אל-ערבי", הרי שתנועת החמאס אף סייעה בכסף ובתחמושת לשלוחת אל-קאעידה, עימה היא שיתפה פעולה בתחום המבצעי בשנים האחרונות בפעולות חיסול של בכירים פלשתינים ובחטיפת החייל הישראלי.
ממשלת החמאס, אשר הבטיחה קבל עם ועולם שלא תנקוט בכל צעדים נגד לוחמי הג'יהאד, מעניקה אפוא חסות לטרור ברצועת עזה ומספקת את התנאים להפיכת רצועת עזה לחממה לטרור האיסלאמי העולמי.
