מממצאי הביקורת עולה כי למרות מחויבותה של ישראל לעמידה בתקנים הבינלאומיים בהיותה חתומה על אמנת שיקאגו, למרות ליקויי בטיחות כבדי משקל בתחום התעופה האזרחית שהועלו בדוחות ביקורת בינלאומיים ולמרות התרעות של בעלי תפקידים בכירים במשרד התחבורה וברת"א בעניין זה בשנים האחרונות, הגורמים הממשלתיים הנוגעים בדבר, ובכלל זה משרד התחבורה, משרד האוצר ורת"א, לא פעלו כנדרש להבטחת בטיחות התעופה בישראל. שנים רבות הוזנחה רת"א (ומינהל התעופה האזרחית שקדם לה), והאמצעים שעמדו לרשותה לא הותאמו לגידול הפעילות בענף התעופה, להתפתחויות הטכנולוגיות בענף זה ולצורכי התעופה בארץ ובעולם. רת"א התקשתה לתפקד עקב חקיקה שאינה מתאימה למציאות של המאה ה-21, עקב מבנה ארגוני לקוי וחוסר בכלים ובמשאבים מתאימים. מצב זה הביא להורדת דירוג בטיחות התעופה של ישראל, ובכך נפגעו חברות התעופה הישראליות פגיעה כלכלית ונפגעה התדמית של מדינת ישראל.

אמנם בסוף שנת 2008 החלו רת"א, רש"ת, משרד התחבורה ומשרד האוצר לפעול לתיקון הליקויים שהועלו בדוחות של ICAO, FAA וועדת לפידות, אך פעולתם לא הושלמה. נוכח משמעותו הציבורית של הנושא והסיכונים הגלומים בו, יש חשיבות רבה להשלמת תיקון הליקויים הללו ולתיקון של ליקויי בטיחות שהועלו בחוות דעת זו. לפיכך על הגורמים הנוגעים בדבר, בראש ובראשונה משרד התחבורה, משרד האוצר, משהב"ט, רת"א ורש"ת, לפעול במהירות ובנחרצות לפתרון הבעיות הללו, ולנקוט את כל הצעדים הדרושים ליישום ההמלצות המפורטות בדוחות שהוגשו להם בעניין זה. בין היתר, יש ליישב את חילוקי הדעות בין האחראים לבטיחות התעופה, ולהעניק להם את הכלים והמשאבים הנחוצים למילוי תפקידם כנדרש ולניהול תעופה תקינה ובטוחה.

בדצמבר 2009 הודיע משרד התחבורה למשרד מבקר המדינה כי מנכ"ל משרד התחבורה, יעקב גנות, הורה להיערך לקיום הליך יסודי ומעמיק של טיפול בממצאי הביקורת של משרד מבקר המדינה ולעקוב אחר התקדמות הטיפול בהם.

משרד המבקר מציין כי המרחב האווירי בישראל הוא משאב לאומי מהמדרגה הראשונה. קיימת חשיבות רבה לקיומה של תעבורה אווירית ניאותה בישראל ולשמירה על רמת הבטיחות גבוהה של התעופה האזרחית, נושא הטומן בחובו השפעות ישירות על חיי אדם ועל רכוש. מן הראוי שהממשלה, ביחד עם משרד התחבורה, משהב"ט, רת"א ורש"ת, תיתן עדיפות עליונה לנושא ותפעל בלוח זמנים קצר ביותר לתיקון הליקויים שהועלו בחוות דעת זו, על-מנת להביא לשיפור משמעותי ברמת בטיחות התעופה בישראל.

במאי 2008 פנה מינהל התעופה הפדרלית של ארצות הברית, ה-FAA, למנהל רת"א דאז, אודי זהר, וציין כי הליקויים שהעלו סוכנות האו"ם ICAO וועדת לפידות מחייבים את ה-FAA להעריך מחדש את רמת הפיקוח של רת"א כדי לבחון את מידת עמידתה בתקנים של ICAO ולקבוע אם יש להוריד את דירוג בטיחות התעופה של ישראל.

ה-FAA הבהיר כי ההערכה המחודשת של רת"א תיעשה על-פי סעיף הבטיחות בהסכם התעופה שבין ישראל לארצות הברית. לפיכך, ביולי 2008 העריך צוות של FAA את תפקוד רת"א. בנובמבר 2008 דנו נציגי ה-FAA ורת"א בתוצאות הבדיקה של ה-FAA. מסיכום המנהלים של דוח ה-FAA עולה, בין היתר, כי ברת"א נמצאו ליקויים חמורים בתחום הפיקוח על בטיחות התעופה, למרות מחויבותה של ישראל לפעול על-פי התקנים הבינלאומיים בהיותה חברה בארגון ICAO. באותו הסיכום של ה-FAA צוין כי ככל הנראה היה חוסר רצון ברמה המיניסטריאלית לספק לרת"א את המשאבים הנדרשים לה לביצוע בקרת התעופה.

בדצמבר 2008 הודיע ה-FAA למנהל רת"א כי עקב ממצאי בדיקתו מורד דירוג בטיחות התעופה של ישראל לקטגוריה 2, וכי על-פי כלליו הורדת דירוג בטיחות התעופה של מדינה מובאת לידיעת אזרחי ארצות הברית כדי לאפשר להם להביא את הדבר בחשבון בבואם לבחור יעד לטיסה וחברת תעופה. בהתאם לכך הוציא ה-FAA באותו החודש הודעה לעיתונות ובה נכתב שמשרד התחבורה האמריקני החליט להוריד את דירוג בטיחות התעופה של ישראל ולשייכה לקטגוריה 2.

המשמעויות המעשיות של הורדת דירוג בטיחות התעופה של ישראל בידי ה-FAA הן הקפאת הסכמים דו-צדדיים; הקפאת הסכמים מסחריים, שבגינה לא מתאפשרת הגשת בקשות להעלאת תדירות הטיסות, להוספת זמני נחיתה, לשינוי יעדים ולהוספתם; הקפאת רישיון המפעיל המבצעי של חברות התעופה הישראליות ושלילת אפשרותן של חברות אלו להפעיל בקווי התעופה בין ארצות הברית לישראל מטוסים שלא פעלו בהם עד כה; פקיעת הסכמי קוד משותף; בדיקה קפדנית וממושכת יותר של כל מטוס המגיע לארצות הברית מישראל. יצוין כי יש במגבלות אלה כדי להשפיע כלכלית במידה ניכרת, ובין היתר גם על התחרות בקווי התעופה בין ארצות הברית לישראל.

לדעת משרד מבקר המדינה, כל עוד הגורמים הממשלתיים הנוגעים בדבר, לא יביאו לידי שיפור תפקודה של רת"א, ובכלל זה מילוי הדרישות הבינלאומיות בכל שמונת התחומים שצוינו, ה-FAA ימשיך להגביל את פעילותן של חברות התעופה הישראליות בכל הנוגע לטיסות לארצות הברית וממנה ולפקח ביתר קפדנות על מטוסיהן בשדות התעופה בארצות הברית.

יש לציין, כי בעלי תפקידים בכירים במשרד התחבורה וברת"א התריעו על מצב בטיחות התעופה ועל כך שרת"א התקשתה לתפקד עקב חקיקה לא מעודכנת, מבנה ארגוני לקוי וחוסר בכוח אדם מקצועי, אולם הדבר לא בא על פתרונו באופן מיידי וזאת אחת הסיבות העיקריות שהביאה להורדת דירוג הבטיחות של התעופה בישראל.

עקב הורדת דירוג בטיחות התעופה של ישראל, בדצמבר 2008 קיבלה הממשלה החלטה בנושא "חיזוק מעמדה של רשות התעופה האזרחית בנוהל חירום". בהחלטת הממשלה נקבע, בין היתר, כי יש "לאפשר לרשות התעופה האזרחית לנצל את כוח האדם, המשאבים, התקציבים והגמישות התפעולית לצורך האצת חיזוק מעמדה ועצמאותה, ובכלל זה העסקת יועצים מקצועיים בנוהל חירום, והכל בכפוף לכל דין".

לדעת משרד מבקר המדינה, למרות הצעדים המשמעותיים שכבר ננקטו, על הגורמים הנוגעים בדבר, ובהם משרד התחבורה ומשרד האוצר לפעול ליישום תוכנית הפעולה בתוך זמן קצר, כדי להחזיר את ישראל לקטגוריה 1 בדירוג בטיחות התעופה, בהיותה נושא חשוב ורגיש ביותר, אשר בהעדרו, במצב הקיים נפגע המוניטין של ישראל ויש בו כדי לגרום נזקים כלכליים לחברות התעופה.

באפריל 2007 מינה שר התחבורה דאז, שאול מופז, את האלוף (מיל.) עמוס לפידות ליו"ר ועדה ציבורית לבדיקת בטיחות התעופה בישראל, והטיל על הוועדה להציע תוכנית לתיקון ליקויי הבטיחות. באוגוסט 2007 הגישה ועדת לפידות דוח ביניים, ובו צוין כי היא מונתה בעקבות תקרית חמורה שהתרחשה בפברואר 2007 במרחב נמל התעופה בן-גוריון. בדוח הביניים של ועדת לפידות ובדוח המסכם של הוועדה, שהוגש בדצמבר 2007, נכתב כי עקב "הידרדרות זוחלת זה עשרות שנים" מצטיירת תמונת מצב עגומה ומטרידה, וכי "מצב בטיחות התעופה בישראל הוא קשה וימשיך להידרדר, אם לא תינקטנה פעולות נמרצות ובהקדם".

ועדת לפידות הגישה 75 המלצות לתיקון הליקויים שהעלתה בעבודתה. בדיקת המבקר העלתה כי 15 מ-75 המלצותיה של הוועדה טרם יושמו, וכי 31 המלצות יושמו חלקית או שיישומן טרם הושלם, אף שעברו יותר משנתיים ממועד פרסומן. המבקר מציין כי אי-יישומן המלא של המלצות כה רבות מלמד שהגופים הנוגעים בדבר, בהם רשות התעופה האזרחית (רת"א), רשות שדות התעופה (רש"ת) ומשרד התחבורה, לא השלימו את תיקונם של ליקויי הבטיחות שהוצגו בדוח לפידות. רת"א הסבירה למשרד מבקר המדינה כי יישום חלק מההמלצות אינו תלוי בה ושיישום חלק אחר הוא תהליך מורכב וממושך. לדעת משרד מבקר המדינה, על רת"א, רש"ת ומשרד התחבורה לפעול ללא דיחוי להשלמת יישום כל המלצות ועדת לפידות.

חוק הטיס הנוכחי הוא חוק מנדטורי משנת 1927. החוק לא הותאם במהלך השנים למציאות של המאה ה-21 ולתקני ICAO, והדבר פגם ביכולת של רת"א לעמוד בתקנים הבינלאומיים. באוגוסט 2007 התריעה ועדת לפידות בדוח הביניים שלה שחסרונו של חוק טיס מעודכן גורם לפגיעה ניכרת בתפקוד רת"א ובבטיחות התעופה. גם בביקורת שעשה ה-FAA ביולי 2008

נמצא שאחד הליקויים המרכזיים שהביאו לידי הורדת דירוג בטיחות התעופה של ישראל היה היעדר חקיקה מתאימה. בעבר נעשו ניסיונות לשנות את חוק הטיס ולעדכנו על-פי המציאות המשתנה וההתפתחויות הטכנולוגיות בעולם התעופה, אך הדבר לא צלח. עוד בשנת 1996 הונחה על שולחנה של הכנסת הצעה לחוק טיס חדש שהיה אמור להחליף את חוק הטיס הקיים, והיא אף אושרה בקריאה ראשונה, אולם הליך החקיקה לא הושלם. לפי דוח לפידות, הדבר נבע, בין היתר, מהתנגדות מערכת הביטחון. בנובמבר 2007 הופצה טיוטא מעודכנת של הצעת חוק הטיס לעיון הציבור.

משרד מבקר המדינה רואה בחומרה את התמשכות הטיפול של רת"א ומשרד התחבורה בהליכי חקיקת חוק הטיס במשך 12 שנים, החל מ-1996 ועד 2008. הועלה כי רק לאחר הורדת דירוג הבטיחות החלו לפעול בנמרצות לזירוז הליכי החקיקה המורכבת, ובכלל זה מלאכת גיבוש הטיוטא וניסוחה, אולם כאמור עד מאי 2010 לא הסתיימו הליכי החקיקה בכנסת.

הביקורת העלתה כי בתקופה הנבדקת הייתה במשרדי החוקר הראשי מערכת מידע מיושנת בעלת יכולות מוגבלות. ברת"א או במשרד החוקר הראשי לא הייתה מערכת מידע כוללת שתרכז עבור הגורמים האחראים את הנתונים לגבי אירועי הבטיחות; תוך כדי מיונם לפי סוגי אירועים, סוגי כלי טיס ומאפיינים נוספים; ניתוח נתונים ומגמות לאורך זמן; השוואת נתונים למקובל בעולם ואיתור נתונים חריגים.

משרד מבקר המדינה העיר למשרד התחבורה בנובמבר 2009 כי עליו ליזום הקמת מערכת מידע כזאת, ולקבוע גורם שינהל אותה לפי שיטה והגדרות מוסכמות וידועות מראש. כמו-כן עליו לקבוע שיטה ומועדים לדיווח על אירועי בטיחות, על-מנת לאפשר איסוף נתונים אחידים, מהימנים ובני השוואה וללמוד מהם על רמת בטיחות התעופה ומגמותיה.

עוד באוגוסט 2007 נכתב בדוח הביניים של ועדת לפידות כי היעדר עצמאות מלאה של רת"א גרם לפגיעה בתפקודה ובבטיחות התעופה. בדוח של ה-FAA הומלץ, בין היתר, שרת"א תהיה אוטונומית ושגודלה, המבנה הארגוני שלה ותקציבה יהלמו את היקף פעילות התעופה האזרחית בישראל ואת מורכבותה. עוד הומלץ בדוח כי למנהל רת"א תוקנה הסמכות לקבל החלטות הנוגעות לתקציבו ולהכשרת עובדים, והוא לא יזדקק לאישור מנכ"ל משרד התחבורה.

רק בנובמבר 2008, כשנה ושלושה חודשים לאחר דוח הביניים של ועדת לפידות, ולאחר שנודע כי בכוונת ה-FAA להוריד את דירוג בטיחות התעופה של ישראל, הוקמה ועדה בין-משרדית לבחינת חיזוק עצמאותה ויכולת תפקודה של רת"א. הסחבת של משרד התחבורה ומשרד האוצר ביישום ההמלצות הנוגעות לחיזוק עצמאות רת"א ולשיפור תפקודה גרמה לאיבוד זמן יקר ופגעה ביכולת לפעול לשיפור בטיחות התעופה, לדעת המבקר.

המבקר מציין כי אחת הסיבות לאי-יכולתה בעבר של רת"א למלא את דרישות החוק ולעמוד בתקנים הבינלאומיים הייתה המבנה הארגוני שלה, ושל מינהל התעופה האזרחית שקדם לה, ששנים רבות לא הותאם להתפתחויות בענף התעופה ולהתרחבות הפעילות בו. כמו-כן, רת"א התקשתה לגייס כוח אדם מקצועי ואיכותי משום שרמות השכר שאישר הממונה על השכר דאז היו נמוכות מרמות השכר הנהוגות בכלל ענף התעופה. לפיכך הכין מנהל רת"א לשעבר, אודי זהר, רפורמה מקיפה לרת"א בסיוע יועצים חיצוניים. על סמך הרפורמה שגובשה, אושרו בינואר 2007 שינוי המבנה הארגוני, הגדלת מספר תקני המשרות מ-63 ל-108 והגדלת התקציב השנתי מ-25 מיליון ש"ח לכ-50 מיליון ש"ח.

הביקורת העלתה כי יישום הרפורמה התנהל באטיות, בין היתר, עקב חוסר היכולת להגיע להסכמות בין הממונה על השכר במשרד האוצר ונש"ם, לבין רת"א ומשרד התחבורה בנושא שינוי המבנה הארגוני, מספר תקני המשרות ורמות השכר. הדבר גרם לעיכוב מתמשך בשיקום רת"א, להמשך הזנחתו של תחום בטיחות התעופה ולחוסר יכולתה של רת"א להשלים את הפערים שנוצרו במשך שנים רבות ולהתמודד עם האתגרים המתפתחים של ענף התעופה.

תקנות הטיס קובעות כי שר התחבורה ימנה חוקר ראשי, והוא יהיה ממונה על חקירת תאונות ותקריות לכלי טיס. מספטמבר 2002 מכהן בתפקיד החוקר הראשי עו"ד יצחק רז. בשנים 2009-2005 הייתה מגמה של עלייה במספר התקריות המדווחות, בהן תקריות חמורות. לפי הסברי רת"א, אין הדבר נובע בהכרח מעלייה במספר התקריות אלא ממודעות גוברת של הנוגעים בדבר לחשיבות הדיווח על תקריות.