הדוחות הכספיים של משרדי הממשלה אינם נערכים בצורה אחידה, ואגף החשב הכללי במשרד האוצר אינו משתמש בצורה מיטבית בביקורות רואי החשבון עליהם. כך קובע (יום ג', 5.5.15) מבקר המדינה, יוסף שפירא.

בשנה הראשונה למינוי רואה חשבון מבקר למשרד ממשלתי, הוא מכין דוח ליקויים מפורט הכולל את רשימת הליקויים המהותיים (אם יש) המונעים ממנו לתת חוות דעת חלקה (חוות דעת ללא הסתייגות) על הדוחות הכספיים של המשרד. הדוחות שהכינו רואה החשבון אינם נמצאים בידי חטיבת חשבונאות, בקרה ודיווח באגף החשב הכללי, וממילא היא אינה מבצעת מעקב מרוכז אחר תיקון הליקויים שצוינו בדוחות.

המעקב שקיים אגף החשכ"ל אחר השימוש במאגר רואי חשבון שהקים לביצוע עבודות הביקורת לוקה בחסר. אין בידי החשכ"ל רשימת ציוות של רואי הנחשבון במשרדי הממשלה ואין בידיו מידע בדבר השימוש של המשרדים ברואי חשבון שנבחרו שלא באמצעות המאגר.

אין אחידות בהצגת הנתונים של פרויקטים המבוצעים בשיתוף המגזר הפרטי במשרדי הממשלה השונים. אין אחידות בבניית דוחות כספיים מאוחדים והצגת הנתונים כפי שנקבע בתקני החשבונאות הממשלתית. אין אחידות ביישום המדיניות החשבונאית שנקבעה בנושא מלאי. תהליך ניהולו, רישומו וסיווגו באופן שוטף של המלאי, הן בדוחות הכספיים והן בדוחות כספיים משרדיים של חלק ממשרדי הממשלה, לוקה בחסר, ואינו מאפשר להציגו באופן נאות ובהתאם לכללי החשבונאות המקובלים.

על אף הערת משרד מבקר המדינה בשנת 2011, יתרת המלאי הרשומה בדוחות הכספיים עדיין מוערכת באופן מהותי בחסר, בהיקפים של מאות מיליוני שקלים. בגין 2013 אין בידי מינהל הרכש הממשלתי אף לא דיווח אחד על המלאי מ-24 המשרדים הממשלתיים והגופים הנוספים, כמתחייב מנוהלי המדינה.

המעבר של משרדי הממשלה לדיווח כספי לפי בסיס מצטבר ולפריסת מערכת המיחשוב המרכזית מרכב"ה בארבעה משרדי ממשלה וב-13 גופי ממשל אמור היה להסתיים על-פי החלטת הממשלה עד יוני 2013. מעבר במשרדי החוץ, הרווחה ובשירות בתי הסוהר טרם בוצע, וצפוי פיגור של 30-18 חודשים בתהליכי אפיון המערכות, בנייתן ופריסתן.

המבקר קובע, כי על החשכ"ל להגביר את הבקרה על חשבויות משרדי הממשלה כדי להנהיג אחידות בהצגה ובדיווח על המצב הכספי. על האגף להבטיח, כי החשבים במשרדי הממשלה, שכפופים מקצועית להנחיותיו, ימסרו את דוחותיהם הכספיים לאחר שיכירו בפריטים החשבונאיים, ימדדו אותם, יציגו אותם ויתנו להם גילוי בהתאם להנחיות המקצועיות שנקבעו.

על אגף החשכ"ל לאפיין את מתכונתו, היקפו ותוכנו של דוח הליקויים המפורט שעל רואי החשבון המבקרים להגיש לו, לעקוב אחרי ממצאי הדוחות, ובמידת הצורך לתת למשרדים הנחיות מקצועיות על-מנת לתקן את הליקויים שנמצאו. כמו-כן, מן הראוי שהחשכ"ל יתן גילוי לציבור על הליקויים שנמצאו.