בשל פיזור הכנסת והבחירות, לא התפנה המחוקק לעדכן את תקרת ההכנסה המאפשרת לבני זוג העובדים יחד בעסק משותף ליהנות מחישוב מס נפרד על הכנסותיהם. המשמעות היא כי בני זוג העובדים יחד יוכלו ליהנות בשנת 2006 ועד לתיקון הפקודה, מהקלות מיסוי משמעותיות בחישוב מס ההכנסה החל על הכנסתם מהעסק המשותף.
בעוד שבשנת 2005 הוגבלה האפשרות לערוך חישוב מס נפרד לפי סעיף 66 (ה) לפקודת מס הכנסה, לסך הכנסה שנתית של 25,008 ש"ח ובשנת 2004 היתה ההגבלה עד סך של 23,040 ש"ח. הרי בשנת 2006 לא נקבעה כל הגבלה על ההכנסה המזכה בחישוב מס נפרד.
כתוצאה מאי ההגבלה של התקרה יוכלו בני זוג העובדים יחד לחלק את הכנסותיהם מהעסק המשותף לפי תרומתו האמיתית של כל אחד מהם לעסק בשכר ראוי. לפיכך כדאי להם לדווח על משכורת ראויה לכל אחד מהם ולהוציא תלוש משכורת כשמדובר בחברה, או לחלק את ההכנסות ביניהם לצורכי הדיווח למס הכנסה וביטוח לאומי כשמדובר בעסק עצמאי.
בבג"צ אברהם מרדכי (בג"צ 7159/02 אברהם ונורית מרדכי נ' פ"ש גוש דן מיום 23.11.2005), קבע ביהמ"ש העליון כי בפני בני זוג העובדים יחד יש כיום שני מסלולי מיסוי לבחירה:
המסלול האחד נקבע בפרשת בני הזוג קלס (ע"א 900/01, רון ואסתר קלס נ' פקיד שומה תל - אביב 4) שבה נקבע כי החזקות לקביעת חישוב מאוחד לבני זוג, המופיעות בסעיף 66 (ד) לפקודה, אינן חזקות חלוטות, אלא חזקות הניתנות לסתירה. דהיינו, בני הזוג ימוסו לפי המצב העובדתי הנכון והאמיתי ככל שהם יכולים להוכיח כי הם עובדים באמת בעסק ובשכר ראוי.
המסלול השני, נקבע בסעיף 66 (ה) לפקודה שהוזכר לעיל, המאפשר חישוב מס נפרד בתנאי שכל אחד מבני הזוג עובד 36 שעות בשבוע לפחות בתקופה של עשרה חודשים לפחות בשנת המס, אין לבני הזוג הכנסות אחרות כעצמאים או כשכירים והם מסרו הודעה 30 יום מראש לפקיד השומה על כוונתם לבקש חישוב מס נפרד.
רשות המיסים אומנם הודיעה כי בכוונתה להגביל את חישוב המס הנפרד לפי המסלול השני, בשנת 2006 עד לתקרת הכנסה בסך של 30,000 ש"ח לשנת 2006, רטרואקטיבית מיום 1.1.2006, אולם, בשל הבחירות ועד להתכנסות הכנסת החדשה שתיבחר, אין אפשרות לתקן הגבלה זו בפקודת מס הכנסה. זאת ועוד, בהמ"ש העליון כבר קבע (בבג"צ אברהם מרדכי) כי הגבלות מיסוי אינן יכולות להיות ישימות באופן רטרואקטיבי. דהיינו, אף באם תקבע הגבלת תקרת הכנסה לשנת 2006 היא תחול מיום שהתיקון לפקודה ייכנס לתוקף ואילך בלבד ולא רטרואקטיבית. ממש כפי שנקבע לעניין ההכנסות של בני זוג כאלו במחצית הראשונה של שנת 2002.
לעומת זאת, הבוחרים במסלול הראשון לחישוב המס הנפרד יכולים להחיל על הכנסתם את הקלות המס בשל החישוב הנפרד באופן רטרואקטיבי עד שש שנים לאחור. כך נקבע גם בחוזר מס הכנסה 10/2004 מיום 17 ביוני 2004. אומנם, פקידי השומה אינם ששים ליישם את הוראות החוזר שאינו ברור די צרכו, אך כדאי וניתן לדרוש יישומו וליהנות מהחזרי המס בהקף של עד כ- 50,000 ש"ח לכל שנת מס לבני הזוג העובדים יחד.
התנאי המעשי היחיד ליישום חישוב המס הנפרד הוא כי בני הזוג אכן מסוגלים להרים את נטל ההוכחה, כי הם אכן עובדים בפועל בעסק/חברה, כל אחד כשלעצמו ושכרם הנו ראוי וסביר לתפקידם והיקף משרתם. מסקנה זו נכונה לפי המסלול הראשון גם לשנות המס 2004 ו- 2005. חיסכון מס של עד 50,000 ש,ח לשנה, כאמור, מגיע לכל בני זוג שאינם עובדים יחד באופן הכי ברור מאליו.
