העברת הצעת החוק למשאל עם בקריאה שנייה ושלישית בכנסת מטריפה את דעתם של הפלשתינים. הם רואים בה שלב נוסף במגמה לחקיקת חוקים בכנסת, שמטרתה להפוך כל הסכם קבע בין ישראל לפלשתינים לבלתי אפשרי.
רוב הציבור הישראלי נתפש בעיני הפלשתינים כבעל נטייה ימנית שלא יסכים לנסיגה ממזרח ירושלים ומרמת הגולן. לכן לדעתם, יהיה קשה להעביר הסכמים ברוח הזאת במשאל העם.
עיתוי החקיקה של חוק משאל העם בכנסת מתרחש בשיא המשבר במשא-ומתן עם הפלשתינים והודעת ראש הממשלה נתניהו כי לא תוקפא הבנייה בירושלים. הפלשתינים רואים בכך "תקיעת אצבעות בעיניהם" מצידה של ממשלת נתניהו. מעין הכרזה ישראלית כי ירושלים היא מחוץ למשא-ומתן למרות חשיבותה הגדולה למיליארד וחצי מוסלמים. הפלשתינים מתוסכלים מהתגובות הבינלאומיות לתהליך חקיקת חוק משאל העם בכנסת והשקט היחסי שבו הוא התבצע.
את סיום השליטה הישראלית ברמת הגולן ובמזרח ירושלים מכנים הפלשתינים במילים "סוף הכיבוש". הם אינם מבינים כיצד נוצר מצב ש"סוף הכיבוש" של השטחים האלה, שהוא מבחינתם הפרה של החוק הבינלאומי, מצריך עריכת משאל עם בישראל. משאל עם שבו יצביעו כחצי מיליון
מתנחלים. הזעם הפלשתיני הוא עצום. יש בקרבם גם אכזבה מתגובת הציבור הישראלי לחקיקת חוק משאל העם. כך למשל כותב חאפט' אלברגותי, עורך ביטאון הפת"ח "אל-חיאת אל-ג'דידה":
- "ציפיתי להפגנות בערי ישראל נגד החוק החדש שחוסם את הדרך בפני הסדר שלום ופותח את שערי הגהינם במקום את שערי הדיאלוג והמשא-ומתן. הציבור הישראלי מוכיח יום אחרי יום כי הוא נכנע לפשיזם של הכיבוש וכי הוא בן ערובה בידי המתנחלים".
הפלשתינים מנסים לשווק באמצעי התקשורת שלהם את הטענה כי חקיקת חוק משאל העם היא הבעת חוסר אמון בראש הממשלה נתניהו, וכי הציבור הימני בישראל הפיק את הלקחים מההיסטוריה שבמהלכה פירק ראש הממשלה מנחם בגין את היישובים בסיני וראש הממשלה
אריאל שרון פינה את ההתנחלויות מרצועת עזה. לטענתם, הימין מנסה ומצליח לחשק את נתניהו באמצעות החוק הזה.
מכונת התעמולה הפלשתינית הכריזה על חוק משאל העם כחוק ש"סתם את הגולל על המשא-ומתן בין שני הצדדים". הצביעות הפלשתינית במקרה הזה היא זועקת לעין. יו"ר הרשות הפלשתינית וצמרת אש"ף הכריזו בשנים האחרונות, השכם והערב, ובמיוחד בתקופות ממשלות שרון ואולמרט, כי יביאו למשאל עם כל הסכם קבע עם מדינת ישראל. הם הודיעו כי משאל העם הפלשתיני יכלול גם את הפזורה הפלשתינית, דהיינו את כל חמישה מיליון הפליטים הפלשתינים הפזורים במדינות ערב ובמקומות נוספים בעולם, כמו במדינות דרום אמריקה, סקנדינביה, קנדה וארצות הברית, כדי שיהיה קונצנזוס פלשתיני על כל הסכם עם ישראל. מדוע לפלשתינים מותר לעשות משאל עם על הסכם הקבע ולישראל אסור? מדוע אף אחד לא קם בישראל ומטיח את הטענה הזו בפניהם?
ההתנגדות הפלשתינית לחוק משאל העם היא התערבות גסה בפוליטיקה הישראלית ובענייניה הפנימיים של ישראל. עוד ניסיון פלשתיני לכפות על ישראל נסיגה לקווי 67' ונסיגה ממזרח ירושלים.
גם לישראל יש את הזכות לנסות לגבש גיבוי ציבורי חזק לכל הסכם קבע עם הפלשתינים, שישרת את האינטרסים הלאומיים שלה ולעשות זאת באופן דמוקרטי באמצעות משאל עם. מדובר בעניין פוליטי פנימי שיש לו תמיכה רבה בבית המחוקקים, והראיה לכך - הרוב שלו זכתה הצעת חוק משאל העם בתמיכה של 65 חברי כנסת מול 33 מתנגדים. כדאי שהפלשתינים יעסקו בענייניהם ולא יתערבו בענייננו. גם כך יש לנו מספיק צרות ודאגות.