עשרה ימים לאחר שהגישה הפרקליטות כתב אישום נגד בני הזוג האפרתי בגין מעורבותם בפרשת "הסוס הטרויאני", הודו והורשעו השניים לפני זמן קצר (14.3.06), זאת במסגרת עסקת טיעון שהוגשה היום על-ידי נציגי הפרקליטות.
על-פי עסקת הטיעון, תרצה רות האפרתי עונש של 4 שנות מאסר בפועל ותשלם קנס בסך מיליון ש"ח. בעלה, מיכאל, ירצה עונש של שנתיים מאסר בפועל וישלם קנס בסך מיליון ש"ח.
כזכור, בני הזוג רות ומיכאל האפרתי נעצרו בחודש מאי 2005 בלונדון, בחשד לייצור ושיווק תוכנת הסוס הטרויאני והוסגרו לישראל בסוף חודש ינואר השנה, זאת לאחר שבית המשפט הבריטי דחה את ערעורם כנגד כוונת שלטונות בריטניה להסגירם לישראל.
כתב האישום שהוגש נגד בני הזוג חשף כי "הכוח המניע" מאחורי פעילות בני הזוג היתה רות האפרתי, אשר לה מייחסת הפרקליטות עבירות של קבלת דבר במרמה בנסיבות מחמירות, חדירה לחומר מחשב כדי לעבור עבירה אחרת, החדרת נגיף מחשב, האזנת סתר שלא כדין, שימוש שלא כדין בהאזנת סתר, התקנת מכשיר למטרת האזנת סתר, פגיעה בפרטיות, ניהול מאגר מידע בלתי מורשה וקשירת קשר לביצוע פשע.
למיכאל האפרתי יוחסו עבירות קלות יותר של סיוע לקבלת דבר במרמה בנסיבות מחמירות, סיוע לחדירה לחומר מחשב כדי לעבור עבירה אחרת, סיוע להחדרת נגיף מחשב, סיוע להאזנת סתר שלא כדין, סיוע התקנת מכשיר למטרת האזנת סתר, סיוע לפגיעה בפרטיות וסיוע לניהול מאגר מידע בלתי מורשה.
על-פי כתב האישום, מיכאל האפרתי "הגה ופיתח את הסוס הטרויאני שבו נעשה שימוש במסגרת פרשה זו. הפיתוח החל עוד בתחילת שנת 2000, כאשר בשלב מסויים נעשה ניסיון לשווק את התוכנה כדין לגופים ביטחוניים שונים. החל ממחצית שנת 2004 לערך, הוחל בניתוב הסוס הטרויאני לשימושים פליליים, זאת במסגרת התקשרות של רות האפרתי עם משרד חקירות "קרוכמל חקירות מיוחדות" ועם הנאשמים צבי קרוכמל ואלכס ויינשטיין. בשלב מאוחר יותר הורחבה הפעילות הפלילית גם לעבודה עם משרדי החקירות הפרטיות הנוספים - משרד 'מודיעין אזרחי חקירות' ומשרד 'בללי-פילוסוף חקירות'".
בפרקליטות סרבו לאורך כל התקופה לאשר או להכחיש כי בין הצדדים מתנהלים מגעים לקראת עסקת טיעון, אלא שהערפל שאפף את העניין התפזר היום עם הגשת עסקת הטיעון לבית המשפט המחוזי בתל אביב.
על-פי עסקת הטיעון, אשר טרם אושרה על-ידי בית המשפט, הודו בני הזוג במיוחס להם בכתב האישום. על-פי עסקת הטיעון תרצה רות האפרתי עונש של 4 שנות מאסר בפועל ותשלם קנס כספי בסך מיליון ש"ח, ואילו בעלה, מיכאל האפרתי, ירצה עונש של שנתיים מאסר בפועל וישלם קנס כספי בסך מיליון ש"ח.