שר האוצר, אברהם הירשזון, הורה (יום ה', 28.12.06) לנציגי משרדו לחדש תכנון פרויקט הרכבות לעמק, לגליל ולנגב. בכך, לדברי משרד האוצר, "יינתן ביטוי אמיתי לתפיסה כי קירוב הפריפריה למרכז יביא לצמצום הפערים החברתיים ולעידוד הצמיחה בפריפריה".
החלטת הירשזון לחדש את התכנון המפורט התקבלה בהמשך לפניות שונות, בין היתר של ח"כ אלי אפללו, ולאחר עצירת הפרויקט לנוכח החריגות שהתגלו באומדני הביצוע בתוכנית הפיתוח של הרכבת.
שר האוצר מסר, כי לקראת סיום הליך התכנון, הוא ידון בתקציב הרכבת על-מנת להביאו לביצוע מעשי. ממשרד האוצר נמסר, כי חידוש תכנון וקידום זמינות פרויקט הרכבות לעמק, לגליל ולנגב יתבצע במסגרת סדרי העדיפות בתקציב המיועד לפיתוח הרכבת, בהיקף של כ-300 מיליון ש"ח החל משנת 2007.