מקורות דיפלומטים ערבים טוענים, כי ניתן היה למנוע את פיגועי הטרור בספרד ב-11 למרס השנה, אילולא הפסיקו ספרד ומרוקו את שיתוף הפעולה המודיעיני ביניהם.
כעת מתברר, כי בשל סכסוך בין ספרד למרוקו על אי זעיר בים התיכון, לא הוחלף מידע בין שירותי המודיעין של שתי המדינות, למעלה משנה וחצי.
בחודש יוני 2002, השתלטה מרוקו על קבוצת סלעים השייכת לספרד, הקרויה בפיה האי לילה. (ספרד מכנה את המקום, האי פרחיל. בספרדית - פטרוזיליה). בתגובה, כבשה את האי ללא קרב, יחידת קומנדו ספרדית.
המקורות טוענים, כי שירותי הביטחון במרוקו ידעו כי שניים ממבצעי הפיגועים בעיר קזבלנקה במרוקו בחודש מאי 2003 נמלטו לספרד, אך לא דיווחו על כך לשירותי הביטחון הספרדים.
ארגון הטרור אל-קאעידה נטל אחריות לפיגועים בקזבלנקה בהם נרצחו 44 בני אדם. על-פי החשד, אותם תאי טרור מרוקנים אשר תכננו את הפיגועים בקזבלנקה, עמדו אחרי פיגועי הטרור במדריד, בהם נרצחו 201 בני אדם.
