כשביעית מהמקרים בהם נפתחה חקירת מצ"ח במהלך ארבע שנות עימות בגין עבירות נגד פלשתינים הסתיימו בהגשת כתבי אישום. כך אומר ל-Nfc גורם בפרקליטות הצבאית.
מאז פרוץ האינתיפאדה בספטמבר 2000 נפתחו 636 חקירות מצ"ח, חלקן עדיין בשלבי חקירה: 221 חקירות בגין עבירות אלימות נגד פלשתינים, 189 עבירות רכוש (ביזה, השחתת רכוש), 92 עבירות ירי (שימוש בלתי חוקי בנשק, גרימת מוות ברשלנות, הריגה) ו-134 תחת סעיף "שונות".
כאמור, 97 מהחקירות הסתיימו בהגשת כתבי אישום נגד המעורבים (34 עבירות רכוש, 29 עבירות ירי, 23 עבירות אלימות ו-11 "שונות"). לשם השוואה, במהלך האינתיפאדה הראשונה (1987-1990) הוגש מספר זהה של כתבי אישום (פרטים שמסר הפרקליט הצבאי הראשי, תא"ל אבי מנדלבליט, בישיבת ועדת חוקה, חוק ומשפט ב-6 בדצמבר 2004).
בפרקליטות הצבאית עדיין תלויים ועומדים כמה תיקים נגד חיילים ששיקרו בתחקירים. בדיון על תחקירים בצה"ל שנערך בחודש שעבר בוועדת חוץ וביטחון של הכנסת, מסר הרמטכ"ל, רב אלוף משה (בוגי) יעלון, כי רק בארבעה מקרים התגלה שחיילים שיקרו בתחקירים. החייל ששיקר בתחקיר בפרשת מותו של הפעיל הבריטי תום הורנדל ברפיח, נידון לחמישה וחצי חודשי מאסר בפועל.
עיקר המקרים המטופלים על-ידי מצ"ח והפרקליטות הצבאית במישור זה מגיעים מגזרת פיקוד המרכז. עם זאת, סיפורים רבים אינם מגיעים לידיעת המערכת, לעיתים בשל "קשר של שתיקה" בדרג השדה. עד כה, הורשעו 60 חיילים והושתו עליהם עונשי מאסר בפועל ו"על תנאי" וכן עונשים של הורדה בדרגה.
כמה הרשעות הראויות לאיזכור: שני חיילים שהואשמו בתקיפת עצירים פלשתינים בנסיבות מחמירות (בנסיעה בדרך למתקן המעצר) נידונו ל-10 חודשי מאסר בפועל ו-7 על תנאי; כמה חיילים שהכו פלשתינים אזוקים נידונו לעונשי מאסר בפועל הנעים בין 5 ל-9 חודשים; שני חיילים שאיימו בנשק על פלשתינים באזור קלקיליה נידונו ל-6 חודשי מאסר. בכל המקרים הורדו החיילים לדרגת טוראי.
שלושה חיילים אשר בזזו 1,150 ש"ח מפלשתינים במחסום ליד קלקיליה נידונו לתקופת מאסר הנעה בין חודשיים לשלושה חודשים וחצי וכן הורדה בדרגה. חייל אחר שבזז חרב, מקטרות וציוד מחשב נידון ל-5 חודשי מאסר בפועל ו-5 על תנאי וכן הורדה בדרגה. חייל נוסף, שבזז רדיו טייפ, מחשב, נרגילות ומזכרות, נידון ל-4 חודשי מאסר ו-6 על תנאי וכן הורדה בדרגה.
בדובר צה"ל מדגישים, כי "למרבה הצער במהלך הפעילות המבצעית המכוונת נגד גורמי הטרור הפלשתיניים, שהנם ארגוני טרור חמושים ומאורגנים היטב הפועלים בסיוע מדינות אויב וארגוני טרור בינלאומיים, לצד פגיעה במי שלוחמים נגד צה"ל, נפגעים גם אזרחים בלתי מעורבים. כל מקרה כזה או מקרה אחר בו מופנות טענות כלפי התהנגות חיילי צה"ל נבדק בצורה יסודית הן על-ידי גורמי הפיקוד והן על-ידי המערכת המשפטית. במקרים המתאימים בהם עולה מן החומר חשד להתנהגות פלילית מצד החיילים המעורבים נפתחות חקירות פליליות ומוגשים כתבי אישום".
ובהקשר אחר: באחרונה פורסמה באתר האינטרנט של צה"ל סקירת פסיקת בית המשפט הצבאי לערעורים באיו"ש ובאזח"ע, בין התאריכים 25.10.04 - 29.11.04. בכתבה הובאו 16 מקרים של הגשת ערעורים, ב-12 מהם נדחה הערעור (באחד אף הוחמר העונש) וב-4 נוספים הומתק העונש.