במהלך 2013 הייתה מצרים עדה לעלייה בטרור ובאלימות בעקבות הדחת הממשלה. למרות שרוב ההתקפות בוצעו בצפון סיני, כמה התקפות משמעותיות התרחשו בדלתא של הנילוס המזרחי, בין קהיר ואיסמעיליה. אלימות זו מופנית בעיקר נגד כוחות הביטחון, ובמקרים נדירות - נגד אזרחים מצרים, אזרחים זרים ואינטרסים כלכליים זרים. ארגון הטרור אנצאר בית אל-מקדס נטל אחריות למרבית הפיגועים נגד כוחות הביטחון. כך מדווחת מחלקת המדינה האמריקנית בדוח השנתי של הטרור אשתקד.

בחודשים יולי-אוגוסט נאבקו שירותי הביטחון המצרים להכלת האלימות. תיאום הדוק בין גופי הביטחון השונים הביא לירידה במספר הפיגועים בסיני. הכוחות המזוינים הובילו מערכה בצפון סיני, כדי לשבש את הברחות האמל"ח בין סיני לרצועה, ופעלו בנוסף להריגת חמושים ולשלול מארגונים קיצוניים מקומות שבהם יוכלו להוציא לפועל את פעולותיהם. במאמץ להחזיר את הביטחון הפנימי ולהילחם בקיצוניות, התמקדה הממשלה הזמנית (לאחר הפלתו של משטר מורסי) בהגנה על תשתיות קריטיות והחזרת הביטחון הבסיסי.

הממשלה המצרית פעלה נגד מתנגדיה בכל הארץ. הפעולות התמקדו באחים המוסלמים וביריבים פוליטיים חילונים לא אלימים. בדצמבר 2013 הכריזה הממשלה הכריזה על האחים המוסלמים כארגון טרור, אך לא סיפקה ראיות לכך הארגון היה מעורב בצורה ישירה בפיגועי הטרור שבאו לאחר הפלת מורסי.

מבחינת אירועי טרור במצרים בשנת 2013, היו מאות פיגועים במהלך השנה, רובם לאחר הפלת הממשלה הנבחרת. המטרות העיקריות של פיגועים אלו היו כוחות הביטחון. רוב ההתקפות בחודשים יולי-ספטמבר היו בסיסיות, כמו ירי במהלך נסיעה ופיצות חומרי נפץ גולמיים. מחודש ספטמבר, הטקטיקות הפכו קטלניות ומתוחכמות יותר, כולל ירי רקטות נגד טנקים (מוכר יותר כ-RPG), מחבלים מתאבדים במכוניות תופת ומטעני חבלה מאולתרים.

ב-19 באוגוסט עצרו חמושים שני אוטובוסים של שוטרים שהיו בדרכם לבסיס באל-עריש והרגו 24 מהם. ב-7 באוקטובר ביצעו האחים המוסלמים פיגוע התאבדות נגד מינהלת הביטחון בעיר אל-טור שבדרום סיני. בפיגוע נהרגו חמישה אנשי ביטחון ו-50 נפצעו. ב-24 בדצמבר פוצץ את עצמו מחבל מתאבד במכונית תופת במפקדת ההגנה של הממשלה בעיר אל-מנצורה. בפיגוע נהרגו 16 אנשים ו-134 נפצעו.

מבחינת אכיפת החוק, פקודת החרום של מצרים פגה ב-14 בנובמבר. הדבר הביא לסיום חוק החרום שהחל באוגוסט. ביוני קבעה המועצה העליונה של ביהמ"ש החוקתי, כי חיפושים ללא צו ומעצרים, אפילו לפי פקודת החרום, מנוגדים לחוקה.

מצרים המשיכה במאמציה לשיפור אבטחת הגבול. הדבר כלל השגת שליטה משמעותית על סחר בלתי חוקי, כולל נשק באמצעות המנהרות שבצפון סיני וברצועה. כוחות הביטחון המצרים תיגברו את אמצעי האבטחה וההגנה בשדות התעופה, בנמלים ובתעלת סואץ. פקידי גבול החזיקו רשימה של אנשים החשודים באלימות. עם זאת, רשות המכס המצרית חסרת בסיס נתונים מרכזיים למעקב אחרי תנועת המטען ונוסעים.

מבחינת התמודדות עם הקצנה לאלימות וקיצונים אלימים, משרד האיסלאם הממשלתײ אחראי למתן הדרכה לאימאמים, כיצד להימנע משפה קיצונית בדרשות. אוניברסיטת אל-אזהר שבקהיר שיתפה פעולה עם תוכניות בינלאומיות לסייע לאימאמים לקדם סובלנות ואי-אלימות, שיתוף פעולה בין דתי וזכויות אדם. לאחר הפלת מורסי חודש הפיקוח הממשלתי, במסגרתו נאסר על אימאמים שאינם בוגרי אל-אזהר לשמש כמטיפים במסגדים; נאסרה תפילת יום שישי במסגדים ששטחם פחות מ-80 מטרים רבועים; ומסגדים נדרשו להעביר דרשות שמטיפות לסובלנות ואי-אלימות.