על-פי רוב, כאשר הצדדים לדיון נעזרים להוכחת טענותיהם בחוות דעת מקצועיות של מומחים, בית המשפט ממנה מומחה מטעמו, והשאלה היא מה מעמדו של מומחה צד לדיון לעומת מעמדו של מומחה המתמנה מטעם בית המשפט.
כאשר המינוי אינו בהסכמה, ובהנחה כי כל מומחה מבצע את המוטל עליו ללא שיקולים זרים, אין יתרון לחוות דעתו של מומחה בית המשפט על פני חוות דעתו של מומחה צד לדיון. מומחה אינו אמור לשנות את דעתו המקצועית ולהטותה לטובת מי שמינה אותו, ועל נוהג פסול זה של כמה מן המומחים הוציא בית המשפט המחוזי בקורת בוטה. מדובר בע"א 86/86 אחד העם שפירא בע"מ נ' לשם אריה ורבקה, בית המשפט המחוזי בחיפה,פס"מ תשמ"ח (1) 3, שופטים: י' מרגלית, מ' סלוצקי, ח' אריאל, להלן ציטוט:
"ניסיונו של המהנדס טיגרמן להיתלות בסיווג התקני כעילה לאי ביצוע התיקונים הדרושים הוא כשלעצמו, גורע ממהימנותו וממיומנותו, ומעלה עליו את החשד של נטייה לבעל הדין שהזמינו ומשלם את שכרו".
ברור לחלוטין מדברי ביקורת אלו מהן הציפיות של בית המשפט ממומחה, מכל מומחה, וגם מוצדקות ציפיות אלו. מומחה טוב ייתן אותה חוות דעת לגבי אותו עניין ללא תלות בצד שממנה אותו ומשלם את שכרו.
לאור זאת, נקט נשיא בית המשפט העליון בעמדה ברורה כי כאשר מומחה בית המשפט לא מונה בהסכמת הצדדים, אין יתרון כלשהו לחוות דעתו ביחס לחוות דעת מומחי הצדדים. מדובר בע"א 4218/90, חפציבה בע"מ נ' כרמן ואלכסנדר לחנר, בית המשפט העליון, שופטים: מ' שמגר, א' גולדברג, י' מלץ, לא פורסם - מובא בספר "עדות מומחה" מאת א' בן עזרא בהוצאת "שי" 2001, עמ' 459, ולהלן ציטוט:
"המומחה אשר מונה על-ידי בית המשפט לא היה מומחה שמונה בהסכמה, ומשקלה של חוות הדעת היה כמשקל חוות הדעת של הצדדים".
משמע, משקלה של חוות הדעת של מומחה הממונה על-ידי בית המשפט בהסכמת הצדדים - גדול יותר, אלא שהיתרון של חוות דעתו מקורו בהסכמה, ולא בגורם אחר. הצדדים הסכימו מראש על מינויו, ובכך הביעו בו אמון. מכוח אמון זה, משקל חוות דעתו גדול יותר.
עם זאת, אין בית המשפט אמור לקבל את חוות דעתו של המומחה גם כאשר מינויו מוסכם על הצדדים "כזה ראה וקדש", ובעניין זה ראוי ללמוד מדברי הביקורת שהטיף השופט י' מרגלית על בית המשפט קמא בת"א 25-38/90 אברהם אלברט ואח' נ' שיכון ופיתוח לישראל בע"מ ואח', בית המשפט המחוזי בחיפה, שופטים: ח' אריאל, מ' סלוצקי, י' מרגלית, לא פורסם - מובע בספר הנ"ל (עדות מומחה) בעמ' 311 להלן ציטוט:
"למרבה הצער, לא בדק שופט השלום את חוות הדעת האלה בדיקה ביקורתית וקבלן על קרבן וכרעיהן ללא דיון כלשהו בפסקי דינו ואימצן כבסיס לפסקי הדין".
מדובר בהתייחסות של בית המשפט המחוזי לסדרת פסקי דין של שופט השלום החיפאי א' קיטאי בנושא ליקויי בנייה של דירות במעלות. מומחה בית המשפט המהנדס י' דימנט מזער את הנזקים בדירות התובעים, ואף שמונה בהסכמה, בית המשפא המחוזי לא ראה בעין יפה את העובדה שבית משפט השלום אימץ ללא דיון את קביעותיו של י' דימנט, ובפסק הדין שבערעור הועדפה חוות דעתו של מומחה התובעים פריט אחר פריט.
ראה גם דברי בית המשפט העליון, שוב במקרה של מינוי מומחה מוסכם על-ידי בית המשפט, ע"א 00 / 7298 בסט דוד סמואל נ' חממי עזרא ושלמה, בית המשפט העליון, שופטים: ד' ברלינר, ס' ג'ובראן, א' גרוניס, פדאור 07 (27) 586 ולהלן ציטוט המדבר בעדו:
"בית המשפט קמא אמר בפסק דינו כי "נראית לי דעתו של המומחה בן עזרא" (כשהכוונה היא להעדפתה על פני חוות הדעת של מומחה בית המשפט ד"ר זלינגר ומומחה המערערים). העדפה זו מצויה בתחום שיקולו והחלטתו של בית משפט קמא. אין כל חובה להעדיף דווקא את חוות הדעת של מומחה בית המשפט".
המסקנה היא כי יש לבית המשפט שיקול דעת בכל מקרה להעדיף חוות דעת מומחה צד לדיון על פני חוות דעת מומחה בית המשפט, מצפים כי בית המשפט יתייחס בביקורתיות לכל חוות דעת, ולא יפסוק תוך אימוץ חוות הדעת של המומחה שמינה.
אכן, בפסקי דין רבים בית המשפט מעדיף ואף מאמץ את חוות הדעת של המומחה שמונה על ידו, אולם כשאין בצד העדפה זו דיון ענייני, ולמרבה הצער במקרים רבים אין דיון כזה, ההעדפה לא מוצדקת או לכל הפחות לא ברורה ואולי מונעת משיקולי קיצור או נוחות שהם שיקולים זרים. הכלל הידוע כי הצדק צריך גם להיראות - חל כאן ומצפים שבית המשפט יתייחס לחוות דעת המומחים ויחשוף את נימוקי העדפותיו.