חלק משמעותי מן החקירה עסק בהתערבותו של נתניהו למען מילצ'ן, לאחר שהממשל האמריקני סירב להאריך את ויזת השהייה שלו בארה"ב. נתניהו אישר שפנה לשר החוץ האמריקני דאז, ג'ון קרי, ולשגריר דאז דן שפירו, אך עמד בתוקף על כך שפעל בשל תרומתו של מילצ'ן לביטחון המדינה ולא בשל ידידותם האישית. "יש דברים שהם ממש מקוממים. מי שמכיר אותי יודע, שבנושאים שהם ביטחוניים, כלכליים, מדיניים - אני לא מכניס שום שיקול זר לתוך החדר. ההיכל סגור. איש לא נכנס. לא בשביל חופן סיגרים ולא בשביל כלום", הדגיש נתניהו.

נתניהו אמר לחוקריו, כי מילצ'ן לא סייע למוסד, אלא בנושא אחר (האסור בפרסום) ומצוי באחריותו האישית של ראש הממשלה, ולכן מצא לנכון להתערב. שלטונות ארה"ב סברו, בעקבות ראיון עם מילצ'ן בתוכנית "עובדה", שהוא פגע בביטחון ארה"ב – הסביר נתניהו – ולכן הוא פנה אליהם והבהיר שלא הייתה שום פגיעה כזאת. עוד אמר נתניהו, כי חשש שמילצ'ן ייחקר בארה"ב ויחשוף את סיועו לישראל, וגם בשל כך ביקש לפתור את הבעיה כבר בשלב מוקדם. לדבריו, הוא שוחח בנושא עם שמעון פרס, שהיה מוטרד גם הוא. נתניהו הוסיף, כי סייע בהצלחה גם לראש המטה לביטחון לאומי לשעבר, עוזי ארד, כאשר ארה"ב סירבה להעניק לו ויזה, וגם לראש המוסד לשעבר, מאיר דגן, כאשר נזקק לטיפול רפואי.

החוקרים עימתו את נתניהו עם עדותו של ארי הרו, לשעבר ראש הסגל במשרד ראש הממשלה, ולפיה יום אחד נכנס למעון ראש הממשלה, מילצ'ן הגיע ואמר: "ביבי, שמתי לך את הסיגרים במשרד והבאתי גם שמפניה לשרה" – והפציר בו לשוחח עם קרי בנוגע לוויזה, באומרו שהוא זקוק מאוד לסיועו. נתניהו אמר לחוקרים שאינו זוכר אירוע שכזה ופרץ בצחוק. לדברי נתניהו, הוא לא חשב לרגע שמילצ'ן פונה אליו על-רקע הסיגרים והשמפניות, וכאמור – הוא פעל רק משום שהיה זה אינטרס ישראלי.

חלק משמעותי אחר בחקירה עסק בסיגרים ובשמפניות שקיבלו בני הזוג נתניהו ממילצ'ן, ובשולי הדברים – מג'יימס פאקר. נתניהו דחה לחלוטין את הטחות החוקרים לגבי הכמויות בהן מדובר וטען שלא היה מעורב בצורה כלשהי בשמפניות לרעייתו. נתניהו אמר שאינו זוכר כמה סיגרים ביום עישן; "הרבה", אמר. "עישנתי הרבה ועובדה שהוא [מילצ'ן] נתן לי הרבה סיגרים", אך אין שום קשר בינם לבין הסיוע בוויזה. לדבריו, מילצ'ן היה מביא לפחות בקבוק שמפניה אחד בכל ביקור שלו בבלפור והוא ראה פעם-פעמיים ארגז של בקבוקים – אבל "זה לא אספקה".

לדברי נתניהו, הוא אינו יודע כמה שמפניה שותה רעייתו, הם מתראים בעיקר בשעות הלילה המאוחרות ו"אתה חושב שהיא יושבת שם עם בקבוקי שמפניה? תגידו, אתם נורמליים? מה קורה לכם?", אמר לחוקרים. נתניהו אמר שוב ושוב, כי אינו יודע דבר על כמויות השמפניה עליהן העידו אנשיו של מילצ'ן, אם כי ידע שהיא מקבלת בקבוקים ממילצ'ן. "אשתי אדם עצמאי, אני לא נמצא כל היום, אני מגיע מאוחר בלילה. מה אתה חושב, שיש פה איזה מצעד שמפניות? אין דבר כזה".

על עדותה של קליין בדבר ארגזים רבים של שמפניה אמר נתניהו, שאולי היא טועה. "אני לא הולך ומסתכל על הארגזים; אני עסוק", הוסיף. החוקרים טענו שמדובר בסיגרים ושמפניות בהיקף חודשי הדומה לשכרו נטו של נתניהו (17,000 שקל לדבריו באותה עת). הוא השיב, כי אין בכך בעיה כלשהי, כל עוד הרקע הוא חברות – כפי שלדבריו היה ביחסיו עם מילצ'ן. החוקרים אמרו, כי וינרוט העיד שנתניהו אינו נותן מתנות – בסתירה לדבריו שהיו חילופי מתנות הדדיים בינו לבין מילצ'ן.

עוד ציטטו החוקרים את מילצ'ן כמי שאמר, שהייתה "דרישה של מתנות כך הזמן" מצד בני הזוג; נתניהו השיב שאינו מכיר זאת. לדבריהם, מרים אדלסון (אלמנתו של שלדון אדלסון והבעלים של ישראל היום) "אומרת שרעייתך צעקה עליה". על-פי עדותה, שרה נתניהו הראתה לה את השרשרת שקנה לה מילצ'ן בחנות טיפאני וביקשה שתקנה לה שרשרת דומה; אדלסון השיבה שאסור לה לתת מתנות. נתניהו אמר שאינו יודע דבר על כך.

נתניהו טען, כי בשנות ה-1990 הייתה יריבות בינו לבין מילצ'ן, אשר פעל נגדו בהצלחה בבחירות 1999. לדבריו, הידידות נוצרה לאחר מכן, כאשר לא נראה היה שהוא יחזור אי-פעם לפוליטיקה. החוקרים טענו שכבר בשנת 2000 היו יוזמות לחזרתו של נתניהו וזמן קצר לאחר מכן היה ברור שהוא שב לזירה; נתניהו הכחיש. בהמשך אישר נתניהו, כי קיבל טיסות, חליפות וסיגרים מספנסר פרטרידג' [שבהמשך מימן חלק מהגנתו המשפטית והוא חויב להחזיר לו את הכסף].

לקראת סיום החקירה נדונה סוגיית סגירתו האפשרית של ערוץ 10 בשנת 2012, כאשר לא עמד בתשלום דמי הזיכיון למדינה; מילצ'ן היה אחד מבעליו. נתניהו אמר שעמד על כך שהערוץ ישלם או ייסגר; החוקרים אמרו ששר האוצר דאז, יובל שטייניץ, פעל לדחות את הסגירה ושאלו האם ייתכן שיפעל בניגוד לדעתו של נתניהו – שהשיב: "חד-משמעית". לטענת נתניהו, היו לחצים כבדים מצד שרים וחברי כנסת "שהרגישו עצמם מאוימים" אם הערוץ ייסגר; הוא כינה אותו "כל כך שמאלני, כל כך ארסי למדינת ישראל".

החוקרים ציינו, כי ועדה בראשות מנכ"ל משרד ראש הממשלה דאז, הראל לוקר – אותה מינה נתניהו – מנעה את סגירת הערוץ. הוא השיב, כי לא היה לו הכוח הפוליטי הדרוש לסוגרו. סמנכ"ל הרשות השנייה דאז, איילת מצגר, העידה, כי הרגישה שלוקר מכופף את ידה כדי למנוע את הסגירה. החוקרים ציינו, כי כאשר ניסה אילן שילוח לרכוש את הערוץ וחתם על זכרון דברים עם כל הבעלים למעט מילצ'ן, דרש נתניהו דמי זיכיון ב-16 מיליון שקל. אולם, כאשר קנה אותו לן בלווטניק – אותו הביא נתניהו לערוץ – נמחקה לחלוטין הדרישה לתשלום למדינה. נתניהו השיב שאינו זוכר.