שוב כירסום של בג"צ בסמכות בתי הדין הרבניים: הבוקר (ב', 11.9.06) פרסם בית המשפט העליון פסק דין, ולפיו אין לבתי הדין הרבניים סמכות חוקית לדון בבקשה להתרת נישואין של בני זוג אשר רק אחד מהם יהודי, וזאת גם אם בני הזוג נתנו הסכמתם לדיון בפני בית הדין הרבני. בפסק הדין שנכתב על-ידי הנשיא ברק ועליו הסכימו השופטים ס' גובראן ומ' נאור, התקבלו טענות העותר עו"ד מאיר סרגובי, העוסק בדיני משפחה, נגד בית הדין הרבני.
ימים ספורים לפני פרישתו, תוחם ברק בפסיקה משמעותית את סמכויות בית הדין הרבני. בפסק הדין קובע השופט ברק כי מנהגם של בתי הדין הרבניים לדון בבקשות להתרת קשרי נישואין של בני זוג אלו עלולה להביא לפיצול הסטטוס המשפטי של בני הזוג, באופן שיתיר את נישואיהם על-פי דין אחד, ויותיר אותם על כנם על-פי דין שני.
בנוסף, קובע הנשיא ברק כי מתן סמכות לבתי הדין הרבניים לדון בענייני התרת נישואין של אזרחים ותושבים לא יהודיים יסכל כל אפשרות של שלום בית ושיקום חיי הנישואין ועלול להביא לפגיעה בעקרונות הצדק וכללי המשפט הבינלאומי.
בסעיפים האחרונים בפסק הדין (27-30) מפורטות הסכנות הטמונות בהרחבת סמכויות בתי הדין הרבנים (פיצול סטטוס, קיפוח זכויות בן הזוג הלא יהודי - והעמדתו במצב של נחיתות, קביעת גורל הנישואין - נקבע למעשה מראש מעצם העובדה שמדובר בנישואים מעורבים).
קביעתו זו של בג"צ למעשה הופכת את הקערה על-פיה. אם עד כה ניתן היה להתיר קשר נישואין בין בן זוג יהודי לבן זוג גוי בבי"ד רבני בתקופה קצרה של לכל היותר שלושה שבועות, כעת יהיה ההליך מסורבל, ויביא לכך שבקשות להתרת הקשר, שמגישים זוגות מעורבים, יובאו לדיון אך ורק בבתי דין לענייני משפחה. בהליך שכזה על סגן הנשיא של בית הדין לענייני משפחה להגיש שאילתא בנושא לבית הדין הרבני או הנוצרי, וההליך עשוי להתארך לחודשים ארוכים, כאשר לפעמים אף מבקש ביה"ד לענייני משפחה ארכה על-מנת לדון בתיקים בשל העומס הרב המצטבר. במהלך אותם חודשים נמנע מבני הזוג להינשא באופן בו לא יעברו על החוק האוסר ביגמיה.
פסק דין זה ממשיך את דרכו השיפוטית של השופט ברק, החל מפס"ד בבלי, בו החיל ברק את הלכת השיתוף על בית הדין הרבני, המשך בהסכמתו לפסיקה שנתנה השופטת פרוקצ'יה בעניין סמכות בתי הדין הרבנים לשמש כבוררים, וכלה בפס"ד סרגובי (הנוכחי).
בבתי הדין הרבניים כבר שוקלים לפנות לחברי כנסת בקשה כי ישנו את החקיקה כך שתעקוף את פסיקת בג"צ. בתגובה לפסק הדין, מסר עו"ד גלעד קריב מהמרכז לפלורליזם יהודי, של התנועה הרפורמית, כי בית המשפט העליון מנע פעם נוספת מבתי הדין הרבניים להרחיב את סמכותם בניגוד לחוק. לדבריו, יש לקוות כי הממשלה והכנסת לא ייכנעו לדרישות המפלגות החרדיות וימנעו מחקיקה עוקפת בג"צ "העלולה להחמיר את מצוקתם של אלפי האזרחים הסובלים מהתנהלותם הלקויה והשערורייתית של בתי הדין הרבניים".